報告指出，扣除非經常性損益之后，公司凈利潤同比下降幅度為591.47%。公司的3家主要子公司、參股公司中，報告期內只有一家公司實現贏利。

對于去年虧損的原因，公司表示，2013年受制藥公司停產拆遷、重大訴訟判決和主營收入減少等因素影響，公司出現較大幅度虧損。報告同時表示，公司計劃不派發現金紅利，不送紅股，不以公積金轉增股本。

2013年紫光古漢官司纏身，僅兩起官司就讓紫光古漢“虧了”5300萬，還有一起訴訟尚未判決。

據瀟湘晨報報道，2012年11月，衡陽市同德祥醫藥有限公司向衡陽中級人民法院起訴，要求公司支付其2010年8月21日移交的固定資產款、支付存貨及原輔包材款等款項共計金額2060萬。公司已就同德祥應付賬款，欠交稅金等事項提出反訴，訴請支付公司各項費用1986萬。

2013年1月16日，同德祥醫藥和衡陽市同德祥制藥有限公司訴訟公司及全資子公司制藥公司聯營合同糾紛，請求判令公司及制藥公司支付原告收購資產轉讓價款6651.12萬元；履行相關土地置換具體事宜和手續；支付違約金500萬元；支付相關違約損失1322.32萬元，并承擔訴訟費用。

上述兩宗訴訟事項均已判決，公司預計減少當期利潤約5300萬元。

據中國經濟網記者了解，2013年，紫光古漢還因為虛增利潤被證監會處罰。公告顯示，2005年至2007年，紫光古漢虛增營業收入及營業成本，導致公司虛增利潤約2756萬元；2005年紫光古漢對湖南紫光藥業有限公司756萬元的返利未計入當年營業費用；2007年虛減財務費用880024元，子公司紫光古漢集團衡陽中藥有限公司向職工借款約783萬元未在報表中體現；2008年虛減財務費用約116萬元，紫光古漢自鄭州市諳拓公司借款1200萬元未在報表中體現。上述行為，公司已進行了整改。